尋找人類RNA編輯機轉之調控因子

A-to-I RNA 編輯(A-to-I RNA editing)是一種在動物中普遍發生的後轉錄修飾(post-transcriptional modification)機制，此機制主要受到ADAR1以及ADAR2所調控。過去的研究中發現，A-to-I RNA編輯在許多腫瘤組織中與癌化的發生息息相關，包括與促進癌症發生、癌細胞生長、轉移，甚至標靶藥物的感受性有關。因此，了解癌症病人中A-to-I RNA編輯或許能夠為未來癌症治療策略提供線索。本研究中，我們利用TCGA資料庫5678個樣本的基因表現量資料與A-to-I RNA編輯程度資料，並使用線性回規模型及數種統計標準，尋找癌症病人中可能的A-to-I RNA編輯機轉之調控因子。
我們將各個癌組織或正常組織中找到的候選調控因子取交集，找出在癌組織及正常組織的皆為候選調控因子的基因。透過基因本體富集分析(Gene set enrichment analysis)，我們發現找到的候選負調控因子參與在許多機轉當中，尤其許多因子與核糖核蛋白複合物(Ribonucleoprotein complex)的形成與聚集有關；候選正調控因子則是主要為免疫調控以及小分子代謝有關的基因。
我們進一步尋找在許多癌組織及正常組織皆為候選調控因子的基因，找出22個影響廣泛的候選負調控因子以及2個影響廣泛的候選正調控因子。我們利用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)軟體尋找候選調控因子與A-to-I RN編輯酵素間已知的交互作用，發現TRIM25蛋白能夠結合到 ADAR2 核糖核酸(mRNA)序列上；另一方面，從基因本體註釋也可以發現這22個影響廣泛的候選負調控因子中也有調控RNA剪接(RNA splicing)以及後轉譯修飾機轉(post-translational modification)有關，也有的具有RNA結合能力。
總體來說，本研究運用線性回歸模型尋找人類A-to-I RNA編輯機制可能的調控因子，並找出統計上廣泛與許多組織中A-to-I RNA編輯程度有關聯的基因。我們的結果能幫助了解癌症病人中A-to-I RNA編輯的調控機制，並提供線索及方向給未來可能的癌症治療策略。