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以支持向量機分析HLA分型與各紅球血型系統異體抗體的關聯性
Type
thesis
Date Issued
2013-07-19
Author(s)
張志昇
Advisor
蘇家玉
Subjects
系所名稱:醫學資訊研究所
Description
學位別:碩士
語文別:中文
指導教授:蘇家玉
共同指導教授:李元綺
口試委員:李宏謨;邱泓文;林東燦
中文關鍵字:紅血球異體抗體, HLA分型, 資料探勘, 支持向量機
語文別:中文
指導教授:蘇家玉
共同指導教授:李元綺
口試委員:李宏謨;邱泓文;林東燦
中文關鍵字:紅血球異體抗體, HLA分型, 資料探勘, 支持向量機
Abstract
目的:
人類各紅血球血型系統產生不同異體抗體的變異性,常因各種族而不同,和紅血球的抗原比率較無關係。依文獻資料顯示,產生紅血球異體抗體的免疫能力和個體的人類組織相容性抗原(Human Leukocyte Antigen , HLA)分型有極大的相關性。臺大醫院HLA資料庫及紅血球異體抗體資料庫均為經常性輸血所衍生的資料庫。因此本研究希望能利用資料探戡技術來分析這兩組資料庫,希望能找出不同HLA分型產生各種紅血球血型系統異體抗體的關聯性。
方法:
本研究根據臺大醫院人類組織抗原HLA資料庫,與相關的紅血球抗體鑑定結果資料庫,在資料處理部分進行重新編整HLA及紅血球異體抗體資料庫的格式。接下來運用資料探勘中之支持向量機(support vector machines, SVM)技術分析HLA Class I 和Class II分型與紅血球異體抗體關聯性,資料探勘過程包括資料權重選取、SVM參數調整及重要特徵選取等步驟。此外本研究也進一步利用HLA分型資料來預測腫瘤相關疾病,如肝性疾病hepatic disease、骨髓性血癌myeloid leukemia、淋巴性血癌lymphoblastic leukemia。希望能利用資料探勘工具和機器學習技術來分析HLA class I, class II和紅血球異體抗體間的關聯性。
結論與展望:
實驗結果證實利用HLA class I和class II分型來預測紅血球血型系統所產生異體抗體,以SVM資料探工具評估可達到91.8% ~ 99.7% 的準確率。此外以HLA分析預測腫瘤相關疾病之準確率亦可達55.9%~96.2%。研究中以特徵選擇演算法選擇出與紅血球異體抗體高度相關之HLA分析與臨床專業知識符合,顯示以資料探勘分析能找出有鑑別力的特徵。利用HLA資料庫與紅血球異體抗體資料庫進行資料探勘可以找出台灣地區HLA和產生各種紅血球血型系統異體抗體的相關性,進而可預測輸注紅血球產生異體抗體的機率,並提供預防性輸血(prophylactic transfusion ) 的功用。
人類各紅血球血型系統產生不同異體抗體的變異性,常因各種族而不同,和紅血球的抗原比率較無關係。依文獻資料顯示,產生紅血球異體抗體的免疫能力和個體的人類組織相容性抗原(Human Leukocyte Antigen , HLA)分型有極大的相關性。臺大醫院HLA資料庫及紅血球異體抗體資料庫均為經常性輸血所衍生的資料庫。因此本研究希望能利用資料探戡技術來分析這兩組資料庫,希望能找出不同HLA分型產生各種紅血球血型系統異體抗體的關聯性。
方法:
本研究根據臺大醫院人類組織抗原HLA資料庫,與相關的紅血球抗體鑑定結果資料庫,在資料處理部分進行重新編整HLA及紅血球異體抗體資料庫的格式。接下來運用資料探勘中之支持向量機(support vector machines, SVM)技術分析HLA Class I 和Class II分型與紅血球異體抗體關聯性,資料探勘過程包括資料權重選取、SVM參數調整及重要特徵選取等步驟。此外本研究也進一步利用HLA分型資料來預測腫瘤相關疾病,如肝性疾病hepatic disease、骨髓性血癌myeloid leukemia、淋巴性血癌lymphoblastic leukemia。希望能利用資料探勘工具和機器學習技術來分析HLA class I, class II和紅血球異體抗體間的關聯性。
結論與展望:
實驗結果證實利用HLA class I和class II分型來預測紅血球血型系統所產生異體抗體,以SVM資料探工具評估可達到91.8% ~ 99.7% 的準確率。此外以HLA分析預測腫瘤相關疾病之準確率亦可達55.9%~96.2%。研究中以特徵選擇演算法選擇出與紅血球異體抗體高度相關之HLA分析與臨床專業知識符合,顯示以資料探勘分析能找出有鑑別力的特徵。利用HLA資料庫與紅血球異體抗體資料庫進行資料探勘可以找出台灣地區HLA和產生各種紅血球血型系統異體抗體的相關性,進而可預測輸注紅血球產生異體抗體的機率,並提供預防性輸血(prophylactic transfusion ) 的功用。