人類病理生理學特徵和潛在治療選擇的基因生物資訊分析和全表型組相關性研究

隨著遺傳技術的進步，基因組研究正在興起，對結果的解釋也具有挑戰性。在本論文中，我們使用了兩種不同的生物信息學分析策略，希望能深入了解以往的研究，旨在找到結果的生物學意義。
在第一項研究中，我們調查了川崎症相關的單核苷酸多態性(SNP)。這是一種免疫相關疾病，可能伴有冠狀動脈異常。目前川崎症的治療方案有限。在本研究中，我們的目標是基於遺傳學研究尋找其他可能的KD治療方法。
經過文獻回顧後，我們從38篇文章中發現了214個與KD相關的SNP。基於遺傳繼承時連鎖不平衡特徵，SNP的數量擴大。 我們獲得了兩個具有不同LD標準的基因列表（r2> 0.6和r2> 0.8），並分別進行了分析(0.8組和0.6組)。此外我們用基因相關的生物學資料庫註釋SNP，並根據其註釋的數量優先考慮所涉及的基因。我們假設具有來自更多資料庫註釋的基因是那些較有生物學意義的基因。最後，我們使用蛋白質-蛋白質相互作用擴展名單，並使用DrugBank資料庫搜索潛在目標。
在最後的結果中，我們在分析後找到了Etanercept，Infliximab和Immune Globulin Human，這些藥物已經被美國心臟協會（AHA）推薦可以用於KD。此外在0.8組中我們從20個基因靶標中找出了其他46種可能具有潛力的藥物，在0.6組從17個基因靶標中找出了37種可能具有潛力的藥物。
在第二項研究中，我們進行全表型組相關性研究（PheWAS），以研究與STIM1及ORAI1中的變異相關的表型。內質網上的STIM1會移動到細胞膜與ORAI1結合，觸發來自SOC的Ca2 +流入，這嚴重影響許多生物過程。首先，我們獲得了來自Taiwan Biobank的454名個體的測序數據、問卷資料以及生化檢驗值。此外，我們進行了邏輯式回歸或線性回歸分析表型和基因型之間的關聯。最後，我們利用GWAS Catalog來確認顯著的SNP-表型關聯與已發表的全基因組關聯研究（GWAS）的關係。
我們發現8種與ORAI1相關的表型和2種與STIM1相關的表型，但我們無法在GWAS Catalog中找到與我們的結果相同的已發表數據。然而，在這些表型中，已知Ca2 +與心律不整，腎結石，氣喘，糖尿病和高血壓相關。在這些研究中，我們提出了兩種可行的方法來深入了解遺傳研究的結果。 但是，需要進一步的研究來驗證這些發現。